兵食果有余，成功可必否？一铣何足言，如生民荼毒何？”这是犹豫，犹豫底后面便是动摇。机会毕竟来了。严嵩是不会放过机会的，他立刻说河套决不可复。夏言质问严嵩为什么不早说，要是有异议，就不应当迟到现在。在夏言盛气凌人底习惯里，这是常事。但是世宗底个性，比夏言还要强，于是从夏言和严嵩底对立，突变为世宗和夏言底对立。严嵩再上疏认为曾铣开边启衅，误国大计；夏言表里雷同，淆乱国事。皇帝底暴怒，是没有限制的。二十七年正月夏言罢职，一面逮捕曾铣入京，政府官吏主张复套者一概罚俸。最后曾铣竟因交结近侍底罪名弃市，夏言则因为苏纲和曾铣同乡的关系，被诬为由苏纲居间，受曾铣赃贿，也在十月间弃市。从此河套永远受着鞑靼骑士底蹂躏，却葬送了一个内阁大学土，一个总督陕西三边军务。严嵩复为首辅，再在那半清客、半权臣底局面下，维持十五年的政权。
明代的翰林院，是政治演进的结果，对于整个政治，发生重大的影响。翰林院的新科进士，对于实际的政治，不负任何职任，只是在优闲的岁月里，给自己以充分的修养。这里大部分人士，是在研讨诗文，但是也有一部分人士，在那里研讨朝章国故。文学的人才，政治的人才，都在翰林院培养。假使我们对于明代的文学，给以一种正确的估价，我们不能不承认翰林院底成绩，同样地，假使我们对于明代的政治，要是仔细考察为什么在许多昏君庸主下面，还能维持二百七十余年的存在，我们对于明代的翰林院，也不能不寄以同情。在张居正入翰林院的时候，多数的进士们，正在讨论怎样做西汉的文章，和盛唐的诗句，但是居正底注意力，却集中到实用上面。居正底目光，似已远远地看到二十年以后的将来。
在夏言和严嵩底斗争里，一个新科进士是没有地位的，等到居正对于当时的时局有了些微的认识，夏言已经失败了。居正和严嵩底关系怎样，我们没有切实的把握；但是内阁大学士，是翰林院的长官，在翰林院设内阁公座，而且一切公务行移，皆用翰林院印；所以内阁、翰林称为同官，事实上居正和严嵩是不会不发生关系的。文集中《圣寿无疆颂》，《得道长生颂》，以及奏疏中《代谢赐御制答辅臣贺雪吟疏》，这一类的文章，固然是代严嵩做的，没有疑问；就是在严嵩失败以后，分宜县知县替他经营葬事，居正给他说：“闻故相严公已葬，公阴德及于枯骨矣；使死而知也，当何如其为报哉？”（书牍一《与分宜尹》）可见居正和严嵩，是有相当的感情。不断的政治斗争里，居正在那里揣摹着：他知道在怎样的环境里，应当怎样维护自己。他也知道，在学习的期间，应当怎样地从容缓进。他和蜗牛一样，正在或左或右地，伸出触角，寻觅政治上的支援。
在吉囊盘据河套、随时领导鞑靼骑士向陕西出击的时候，他底兄弟俺答也正在北部和东北部不断地进攻。嘉靖二十七年八月，俺答进犯大同，九月进犯宣府，深入永宁、怀来。这时夏言、曾铣久已罢职了，严嵩在世宗面前，指出俺答底进攻，完全是夏言、曾铣计划收复河套的结果，再给与世宗以一种新的刺激。其后二人底被杀，便在九月间决定了。二十八年二月，俺答大举入侵，进略大同，直抵怀来。总兵周尚文率兵万人，和俺答大战；宣大总督翁万达也向敌人进攻，居然杀了五十五个鞑靼骑士：算是数十年未有之大捷！
嘉靖二十六年，居正授庶吉士。名义上，庶吉士只是一种学习的官员，在翰林院中称为馆选，三年期满，称为散馆，凡是二甲进士及第的，例赐编修。所以二十八年居正是翰林院编修了，还是一个清衔，没有实际的政务。这一年，他有《论时政疏》，（奏疏十二）首指臃肿痿痹之病五，继陈血气壅閼之病一。他说：
其大者曰宗室骄恣，曰庶官疾旷，曰吏治因循，曰边备未修，曰财用大亏，其他为圣明之累者，不可以悉举，而五者乃其尤大较著者也。臣闻今之宗室，古之侯王，其所好尚，皆百姓之观瞻，风俗之移易所系。臣伏睹祖训，观国朝之所以待宗室者，亲礼甚隆，而防范亦密。乃今一、二宗藩，不思师法祖训，制节谨度，以承天休，而舍侯王之尊，竞求真人之号，招集方术通逃之人，惑民耳目。斯皆外求亲媚于主上，以张其势，而内实奸贪淫虐，陵轹有司，朘刻小民，以纵其欲。今河南抚臣又见告矣。不早少创之，使屡得志，臣恐四方守臣无复能行其志．而尾大之势成，臣愚以为非细故也。所谓宗室骄恣者此也。臣闻才者材也，养之贵素，使之贵器。养之素则不乏，使之器则得宜。古者一官必有数人堪此任者，是以代匮承乏，不旷天工。今国家于人材，素未尝留意以蓄养之，而使之又不当其器，一言议及，辄见逐去，及至缺乏，又不得已，轮资逐格而叙进之，所进或颇不逮所去。今朝廷济济，虽不可谓无人，然亦岂无抱异才而隐伏者乎，亦岂无罹玷用而永废者乎？臣愚以为诸非贪婪至无行者，尽可随才任使，效一节之用。况又有卓卓可录者，而皆使之槁项黄馘，以终其身，甚可惜也，吏安得不乏！所谓庶官瘝旷者此也。守令者亲民之吏也，守令之贤否，监司廉之，监司之取舍，铨衡参之，国朝之制，不可谓不周悉矣。迩来考课不严，名实不核，守令之于监司，奔走承顺而已，簿书期会为急务，承望风旨为精敏，监司以是课其贤否，上之铨衡，铨衡又不深察，惟监司之为据，至或举劾参差，毁誉不定，贿多者阶崇，巧宦者秩进。语曰：“何以礼义为？才多而光荣；何以谨慎为？勇猛而临官。”以此成风，正直之道塞，势利之俗成，民之利病，俗之污隆，孰有留意于此者乎？所谓吏治因循者此也。夷狄之患，虽自古有之，然守备素具，外侮不能侵也。今“虏”骄日久，还来尤甚，或当宣大，或入内地，小入则小利，大入则大利。边圉之臣皆务一切，幸而不为大害，则欣然而喜，无复有为万世之利，建难胜之策者。顷者陛下赫然发奋，激厉将士，云中之战，遂大克捷，此振作之效也。然法日：“无恃其不来，恃吾有以待之。”乘战胜之气，为豫防之图，在此时矣，而迄于无闻。所谓边备未修者此也。天地生财，自有定数，取之有制，用之有节，则裕；取之无制，用之不节，则乏。今国赋所出，仰给东南，然民力有限，应办无穷，而王朝之费，又数十倍于国初之时，大官之供，岁累巨万，中贵征索，溪壑难盈，司农屡屡告乏。夫以天下奉一人之身，虽至过费，何遂空乏乎？则所以耗之者，非一端故也。语日：“三寸之管而无当，不可满也。”今天下非特三寸而已。所谓财用大匮者此也。五者之弊非一日矣，然臣以为此特臃肿痿痹之病耳，非大患也，如使一身之中，血气升降而流通，则此数者可以一治而愈。夫惟有所壅闭而不通，则虽有针石药物无所用。伏愿陛下览否泰之原，通上下之志，广开献纳之门，亲近辅弼之臣，使群臣百寮皆得一望清光而通其思虑，君臣之际晓然无所关格，然后以此五者分职而责成之，则人人思效其所长，而积弊除矣，何五者之足患乎？
在居正奏疏中，这是初次，也许在世宗一朝，除了例行章疏以外，居正上疏，也只有这一次。这里充分地表现居正底政治才能。他看定当时政治的症结，应当说的已经说了，然而没有得罪世宗，也没有得罪严嵩。这便和杨继盛、海瑞不同。杨继盛攻击仇鸾，攻击严嵩；海瑞攻击世宗：从直言极谏底立场看来，当然没有丝毫的遗憾，但是在事实方面，继盛所得的是弃市，海瑞所得的是下狱，这是居正所不愿为的事。蜗牛底触角伸出了，但是觉得空气不利，终于还是收回，居正只是再埋头于朝章国故的探索，对于时政，便不更置一辞。
嘉靖二十八年居正上疏的时候，才二十五岁，我们因此遥想到汉文帝时一个二十余岁的洛阳少年。然而居正究竟不如贾谊。贾谊《治安策》论众建诸侯以遏乱萌，这是汉代政局的对策，但是在明世宗的时候，要说宗室骄恣，真是太可怜了。武宗的时候，亲藩造反确有两次，但是即以宁王宸濠那样的声势，也是不久即灭，亲藩底威力，已经过去了，其实没有什么尾大不掉之势。在这个时期里，世宗正在崇奉道教，于是徽王厚爝也奉道，世宗封他太清辅元宣化真人；辽王宪【火节】也奉道，世宗封他清微忠教真人。这只是讨皇帝欢喜的一种可怜相，还有什么远大的志趣呢？也许居正念念不忘宪【火节】，在这个机会里，给他放一枝冷箭，但是他却忘去关于宗藩的一个大问题。明代宗藩的问题是宗禄。太祖二十六子，除懿文太子外，其余皆封王，王底长子当然也是王，其余便封郡王，如是一代一代地递降，除长子袭封以外，便有镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉。王和郡王底女儿是公主、郡主，递降还有县主、郡君、县君、乡君。公主底丈夫是驸马，郡主以至乡君底丈夫是仪宾。这一切人都有岁禄，从王底一万石到乡君及仪宾底二百石，单单一个王府底岁禄，已经是非常骇人。而自成祖以后，每经过一个皇帝，当然又要添若干王府。在宗室媵妾没有限制的时侯，他们底子女，也没有限制。太祖二十六子、十六女，已经是很大的数目，但是晋府庆成王奇浈便有子七十人，虽然没有打破田常七十余男的多子记录，比太祖已经多出三倍。